Elle est l’œuvre du sultan sâadien Abdellah Al Ghalib qui en acheva la construction en 1564-65, comme l’atteste une inscription sur le linteau en bois au dessus de la porte d’entrée.
La Médersa fut durant plus de quatre siècles un foyer d’accueil pour les étudiants en soif de connaissances dans diverses sciences, notamment en théologie.